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yetnoneの日記

どこぞのPh.D. student。何をやっているかと聞かれると困る。

‘Mobilome’ Study of Antibiotic Resistance Implicates Transposon Activity

www.pacb.com

PacBioで高品質なプラスミドのアセンブリ -> 抗生物質耐性遺伝子(ARG)のより良い特徴付け -> ARGの細菌間伝播メカニズム解明、という話。対象としている細菌はNIHで単離培養されたEnterobacteriaceae。Susu Heさんがリーダー。

  • 感染が広がった細菌を数年間に渡ってシークエンシングして、プラスミド中のtarget site duplication (TSD; ゲノム中のある特定のコンテキストにtransposable elementが挿入されること)を追跡した。

https://image.slidesharecdn.com/bacterial-transposons-1235039960223797-2/95/bacterial-transposons-26-728.jpg?cb=1235018415

(https://www.slideshare.net/guest06ad101/bacterial-transposonsより引用)

  • ARGに対抗する手段が見つかる、、かもしれない。

  • PacBioのmultiplexed sequencingを使えば非常に安価にどんどん読めるだろう。

ファージやプラスミドは最近流行りつつあるように思うので、自分の論文も通るといいな。。