yetnoneの日記

どこぞのPh.D. student。何をやっているかと聞かれると困る。

サーバでpython

サーバ(CentOS)のvirtualenvでpython (python2とpython3両方)とpip。

  • pyenv: 異なるバージョンのpythonを使いやすく
    • $ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv
    • .bash_profileに数行追加(リンクを参照)
  • pip: $ pip install pipができない時はどうするんだ
    • $ curl -kL https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py | python*
    • パイプ後のpythonのバージョンに合わせたpipがインストールされる
    • pipのアップグレードは$ pip install -upgrade pip

参考文献

qiita.com

qiita.com

"腸に効く"アイスは可能か?(細菌の定着の観点から)

以前とある事情から少し調査した内容(と一部私見)。

  • 胃腸の温度を冷やすと、消化機能が低下するらしい。もしかしたら"腸内バリア機能"も?(要出典)
    • -> 細菌が定着しやすくなる可能性はある?

  • Ericsson, A., Personett, A., Turner, G., Dorfmeyer, R. & Franklin, C. Variable Colonization after Reciprocal Fecal Microbiota Transfer between Mice with Low and High Richness Microbiota. Frontiers Microbiol 8, (2017).
    • FMTにおいてfrozen sampleはfresh fecesと同様の効果があった
      • frozenの方が良いわけではない
    • FMTはそもそも最初に抗生物質で元々いる細菌叢を崩してから行うので、単なる細菌の経口摂取で効果があるかは不明
    • frozenだとサンプル調整が楽らしい
  • David, L. et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature 505, 559–563 (2014).
    • 食事由来の細菌は長期的には細菌叢の変化をもたらさないが、当日などの短期的には遺伝子発現を含めて変化させる
      • 腸内で増えることは増えるが、どうやって定着させるかが結局は問題
  • Donaldson, G., Lee, S. & Mazmanian, S. Gut biogeography of the bacterial microbiota. Nat Rev Microbiol 14, 20–32 (2016).
    • どの菌種が増えるかはprebiotics (それぞれの菌種が必要とする栄養)に依存する
    • ヒト腸内細菌叢の形成においては、乳などによってprebioticsがコントロールされている
      • BifidobacteriumとBacteroidesが寡占的となる
    • ヒト腸内には菌種組成を安定に保つ何らかの機構が存在する
      • 部位ごとに局所的にそれぞれ栄養を制限することで菌種組成を制御している
      • 抗生物質などで菌種組成が崩れた時に元に戻すための、細菌の保管場所のようなものが存在する
      • それならば、FMTで菌種組成が変わるのはなぜ?抗生物質は一応組成を変えることは変えるということか?
  • Anselmo, A., McHugh, K., Webster, J., Langer, R. & Jaklenec, A. Layer‐by‐Layer Encapsulation of Probiotics for Delivery to the Microbiome. Adv Mater 28, 9486–9490 (2016).
    • 多糖類のカプセルで細菌を包むと腸に届くまでに死ににくい
      • そりゃそうだ
    • 1時間後の増殖率しか見ていないので、定着は無理だったか
  • Chassaing, B. et al. Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature 519, 92–96 (2015).
    • 乳化剤が炎症を起こす
      • アイスにも入っていることが多い
  • Roberfroid, M. Prebiotics: the concept revisited. The Journal of nutrition (2007).
    • prebiotics = (腸内の)細菌の増殖を促進させるもの
    • トランスガラクト−オリゴ糖やイヌリン
  • Sanders, M. & Marco, M. Food Formats for Effective Delivery of Probiotics. Food Sci Technology 1, 65–85 (2010).
    • prebiotics + probioticsが効果を促進する
  • Lourens-Hattingh, A. & Viljoen, B. Yogurt as probiotic carrier food. Int Dairy J 11, 1–17 (2001).
    • ヨーグルトだと酸に耐性のない菌は入れにくい
    • Bifidobacteriumの増殖には37度が最適
      • アイスだと当然だが真逆

Bear: Markdownエディタ

Bearとかいう素晴らしいものを見つけてしまった。

Kobitoと比較した場合、個人的に特筆すべき点は、

  • UIがきれい
  • Markdownを書いたそばから解釈して修飾してくれる
  • メモ一覧にピン機能がある
  • メモのリンクが可能
  • チェックボックスを書ける
  • PDFその他ファイルを埋め込める、さらにAcrobatで開けるのでハイライト・コメント編集も可能
  • (Pro版だと)PDFにエクスポートできる(未確認)

すごい。ただ、現時点では以下のような至らない点もいくつかある。

  • 数式、表の入力ができない(LaTaXiTでPNGに出力してそれを貼り付けることはできる)
  • バックアップをどうするかまだよく分からない
  • Pro版は有料

数式と表は使いたいので少し痛いが、それを補っても余りあるほどのメリットがBearにはある。

すでにいくつかのメモをKobitoから以降したが、今後機能が順調に充実していけばおそらくBearに完全以降するだろう(このブログも怪しいと一瞬思ったが、短いメモや利用頻度の低いメモが一覧を圧迫するのが嫌いなので、そういったものや、今回のような一過性のメモについては今後もこちらに書くことになるだろう)。

あと余談だが、Bearはググラビリティが低すぎる。。。ググラビリティと使用率に相関があったりしないかなと考えたりするのだが、見つけたい人はちゃんと見つけるので大丈夫か。

Git(Hub)で他人のレポジトリをcloneして新規branchを作って自分のレポジトリに公開するまでの流れ

(Qiitaに書いた方がいいかも)

  • $ git clone URL
    • submoduleも一緒に取ってきたい場合は--recursiveをつける
    • submoduleをアップデートしたい場合は$ git submodule update --recursive
  • $ git remote -vで現在のリモートリポジトリ覧表示
  • $ git branchでブランチ一覧表示、引数を付ければその名前のブランチを作成
  • $ git checkout BRANCH_NAMEでブランチ移動
  • GitHub上で自分の(空の)レポジトリを作成
  • $ git remote add REMOTE_NAME REMOTE_URLでリモートリポジトリを作成
  • $ git add .; git commit -m "MESSAGE"
  • $ git push REMOTE_NAME BRANCH_NAMEで自分のレポジトリのブランチに追加
  • .gitmodulesのURLを適切なものに変更する
    • ../REPOSITORY_NAMEだと自分のレポジトリ、URLのフルパスにすると任意の(他人の)レポジトリを参照できる
  • $ git submodule add URL LOCAL_NAME; git submodule update --init --recursiveでsubmoduleを追加
    • $ git branch -rでmaster以外にどのブランチがあるか確認
    • $ git checkout BRANCH_NAME origin/BRANCH_NAMEでブランチ追加
    • submoduleが指すコミットを変更したい場合は、submodule内部で$ git checkout BRANCH_NAME|COMMIT_ID -> submodule外部で$ git add .
    • $ git submodule deinit ディレクトリ名; git tm -rf ディレクトリ名で削除
  • $ git log --oneline --graph --decorateでログツリーを確認
  • $ git pull, $ git mv, $ git rm (--cached), $ git status

SSH接続

  • $ git remote -vhttps://github.com/...と表示されたら、$ git remote set-url origin git@github.com:...
  • 以降はここに従って~/.ssh/configを編集
    • id_rsa以外の鍵を使いたい場合は-iで指定
  • Gtk-WARNING **: cannot open display と表示されたら$ unset SSH_ASKPASS

.gitignoreファイル

  • 複数のディレクトリに置くことができる
  • 深い階層の.gitignoreに書かれた指定の方が優先順位が高い
  • 以下の上の行から順に解釈される
    • /を含まない、もしくは末尾以外にのみ/を含む行(e.g. file, /file, path/to/file, /path/to/file)
    • 末尾が/の行(e.g. /path/to/directory/, path/to/directory/)
    • !で始まる行(e.g. !/path/to/file)
      • !以降のパターン文字列が示すファイルまたはディレクトリを無視しない
      • 前の無視指定を上書きする
      • 以降の無視指定に上書きされうる
    • 空行もしくは#で始まる行
      • 解釈されない
  • ワイルドカード(*, ?, [0-9]など)も使える

所得

所得 = 収入 - 必要経費

いつも分からなくなるので、ここに書いておく。今年はちゃんと確定申告で必要経費を引いておいてよかった。

それにしても、税金高い。こりゃ文句言われるわけだ。自分の場合年金はまだ免除されるけど。

Wordに貼り付けたPDFがベクトル形式ではなくなってしまう現象

タイトルの通り。外部のPDFからWordに貼り付けたPDFは、大抵はそのままベクトル形式で配置され、拡大・縮小しても綺麗なまま保たれる。

しかし、たまにこれがうまく行かず、貼り付けたその時点は綺麗に写っているものの、一度ファイルを閉じて再度開くと(!)荒くぼやけたサムネイルになってしまうことがあった。

色々試してみて分かったことは以下の通り。

  • ある特定のPDFファイルをIllustrtorを使って編集すると起こる(AcrobatKeynoteで編集すると大丈夫だった)
  • それぞれを別々に貼り付けても大丈夫だったものが、複数を(Illustrator, PowerPoint, Keynote等で)1枚のPDFにまとめてから貼り付けるとダメ
  • PDFを経由しないでPowerPointオブジェクトを貼り付けるとうまくいく

結局解決できずPowerPointからオブジェクトを直接コピーして貼り付けることにしたのだが、謎すぎる。Wordが勝手にサイズを圧縮していると思ってそれ関連と思われる色々な機能をオフにしてもダメ。

普段はWord (というかOffice全体)なんて使わないのだが、今回は様々な兼ね合いで使わざるを得ず仕方なくdocxを用意した。途中、何度嫌になったことか。。この手のソフトウエアは、便利さを謳いながら、その実制限された機能を詰め込んでいるだけで、自由度が低く結局やりたいことなんかできないというのが個人的な印象だ。タダ飯は無いのである。

2017/5/22追記

おそらく原因が判明したので追記。Keynoteからオブジェクトをコピーする時に、どうやらベクトル形式のオブジェクトであってもラスター形式でクリップボードに保持されるらしい。。

以前はベクトル形式のままできたと思うのだが(ググるクリップボード経由でpdf保存みたいな記事がいくつか出てくる)。。。

PowerPointは大丈夫。謎仕様だ。Keynoteの株は自分の中で大暴落。

今まで図を書くときは基本的にRを使っていた。しかし、言語仕様のせいかライブラリのせいか、Rはなんとも言えない使いにくさがある。

ちょうどベン図を描きたいと思っていた。ベン図なんて表現としては基本中の基本だから、いくらでもライブラリが転がっているだろう。そう思っていた。

しかし、蓋を開けてみると、ライブラリがいくつかあることにはあるのだが、どれも使ってみると納得いかない。

  • PDFで保存できない
  • 大きさを集合の要素に合わせてスケールできない
  • 色とかの自由度が低い

等々。

そこで、じゃあそこらへんのwebサービスでも使ってみようかとググってみると、これまた使いにくい数々のツール達が。古くて汚い画像しか出力できないもの、スケールしないもの、そもそもUIが煩雑、(濃度の指定だけではなく)集合を直接指定しないといけないもの、等々。。。

正直かなりうんざりしていた。だがその時、ふとpythonのことを思い出した。自分はこれまで、python ユーザにはおなじみのはずであるmatplotlibを全くといっていいほど使ってこなかった。謎である。

結果として、matplotlib_vennのvenn2で非常に満足のいくベン図が書けたという、それだけの話。しかし、Rは可視化ツールとしてだけ使うのはちょっと面倒だし、Javascriptを持ち出してくるのは大袈裟な感じがするし(加えて大体面倒だし)、pythonの手厚いサポートを受けたmatplotlibは便利だということに(今更)気がついたので、今後はRからこっちに切り替えていきたいと思う。