yetnoneの日記

どこぞのPh.D. student。何をやっているかと聞かれると困る。

ルート権限無しでライブラリのパスを通す

Linux サーバなどでユーザ権限しか持っていない状況で、(ルート権限が必要な) ldconfigコマンドを使わずに、自分で用意したディレクトリ/path/to/lib以下にインストールした静的/動的ライブラリを参照可能にする。 d.hatena.ne.jp 動的ライブラリの場合はLD_…

Typora でエディタ(編集領域)の幅を広げる[Mac]

Kobito -> Bear -> Typora とマークダウンエディタを渡り歩いてきたが、現状 Typora にはとても満足していて、当分より良いマークダウンエディタ探しの旅には出なくて済みそう。Typora を使っていると期待しない動作や編集したファイルの一部が欠落する(!)…

新しい環境での個人的Emacs最低限環境の構築手順

このご時世にまだEmacsを使っているのかとは自分でもたまに思うが、変化を迫る決定的な要因がないから惰性で使い続けてる。 まず、以下を~/.emacs.d/init.elに記述。 (custom-set-faces '(default ((t (:background "black" :foreground "#55FF55")))) '(cur…

コマンド一発でリモートのJupyterをローカルで開く

ssh先のJupyterをローカルで開けるようにする sshオプションをコンフィグ化、コマンドを1つにまとめる 1. ssh先のJupyterをローカルで開けるようにする まずはリモートでJupyterの設定。 Running a notebook server — Jupyter Notebook 5.1.0.dev documentat…

自機のグローバルIPの取得

$ curl inet-ip.info 参考文献 qiita.com

サーバでpython

サーバ(CentOS)のvirtualenvでpython (python2とpython3両方)とpip。 pyenv: 異なるバージョンのpythonを使いやすく $ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv .bash_profileに数行追加(リンク参照) 各種コマンド(pythonインストール、バージ…

"腸に効く"アイスは可能か?(細菌の定着の観点から)

以前とある事情から少し調査した内容(と一部私見)。 胃腸の温度を冷やすと、消化機能が低下するらしい。もしかしたら"腸内バリア機能"も?(要出典) -> 細菌が定着しやすくなる可能性はある? Ericsson, A., Personett, A., Turner, G., Dorfmeyer, R. & Fran…

Bear: Markdownエディタ

Bearとかいう素晴らしいものを見つけてしまった。 Kobitoと比較した場合、個人的に特筆すべき点は、 UIがきれい Markdownを書いたそばから解釈して修飾してくれる メモ一覧にピン機能がある メモのリンクが可能 チェックボックスを書ける PDFその他ファイル…

Git(Hub)で他人のレポジトリをcloneして新規branchを作って自分のレポジトリに公開するまでの流れ

(Qiitaに書いた方がいいかも) $ git clone URL submoduleも一緒に取ってきたい場合は--recursiveをつける submoduleをアップデートしたい場合は$ git submodule update --recursive $ git remote -vで現在のリモートリポジトリ覧表示 $ git branchでブランチ…

所得

所得 = 収入 - 必要経費 いつも分からなくなるので、ここに書いておく。今年はちゃんと確定申告で必要経費を引いておいてよかった。 それにしても、税金高い。こりゃ文句言われるわけだ。自分の場合年金はまだ免除されるけど。

Wordに貼り付けたPDFがベクトル形式ではなくなってしまう現象

タイトルの通り。外部のPDFからWordに貼り付けたPDFは、大抵はそのままベクトル形式で配置され、拡大・縮小しても綺麗なまま保たれる。 しかし、たまにこれがうまく行かず、貼り付けたその時点は綺麗に写っているものの、一度ファイルを閉じて再度開くと(!)…

今まで図を書くときは基本的にRを使っていた。しかし、言語仕様のせいかライブラリのせいか、Rはなんとも言えない使いにくさがある。 ちょうどベン図を描きたいと思っていた。ベン図なんて表現としては基本中の基本だから、いくらでもライブラリが転がってい…

画像の一部分の比較

画像処理というには簡単すぎる内容かもしれないが、画像の一部分を切り出してすでにあるものと比較、という処理。最近やっていないのにブックマークが邪魔だったので、ここにまとめようと思い立った。 簡潔にまとめると以下の通り。 画像切り出し $ convert …

Macにpython 2とpython 3を共存させる

文字列の扱いとかprintの関数化とかで個人的に好きなのはpython3だが、python2も使えた方が良いだろうと思い、よく知られているpyenvを導入。今後も使いそうなのは以下のコマンドか。 $ pyenv versions これまでにインストールしたバージョンの確認 systemが…

Rust

最近流行っているらしいRustの解説動画。半分くらいまで視聴。 Ownership/Borrowingという概念でポインタ周りの(潜在的)バグをコンパイル時に見つけたりできるようにしたらしい。発想としてはshared reference (SR; 共有参照?不変参照?とでも言うべきか)/m…

英語学習

英語力を向上させたい。ので、以下の方針で鍛えていこうと考えている。 VoiceTube 和訳付き動画 TEDやCNN 10も包含していて、洋楽もあるらしい 現状での有力候補少し使ってみたが、かなり良い。TEDを英語+日本語字幕で見られたり、speakingやディクテーショ…

‘Mobilome’ Study of Antibiotic Resistance Implicates Transposon Activity

www.pacb.com PacBioで高品質なプラスミドのアセンブリ -> 抗生物質耐性遺伝子(ARG)のより良い特徴付け -> ARGの細菌間伝播メカニズム解明、という話。対象としている細菌はNIHで単離培養されたEnterobacteriaceae。Susu Heさんがリーダー。 感染が広がった…

文献(pdf)管理ソフトウエアについて

これまでMendeleyを使っていたが、色々と不満を抱いていた。 ライブラリの扱いが謎 独自のライブラリ用フォルダを(watch-dog folderとは別に)作ってそこにpdfをダウンロードし始める そのせいか文献が被ることがある 他のマシンに移行するときに非常に不便 (…

Submitting (PacBio data) to SRA

How can I submit my (metagenomic) PacBio raw data (*.bax.h5) to the SRA database? Read the quick guide Data requirement (PacBio RS II) Submission of data from the RS II instrument requires one (1) bas.h5 file and three (3) bax.h5 files. Do…

Adobe製品で「ライセンスが切れている」と言われた時

Adobe Illustrator CC 2015を使っていたところ、突然「ライセンスが切れている」と言われた。 Adobeのサイトに行き、ログイン 「グループ管理」->「デバイスライセンス」の「すべて」で目的の製品の「使用可能なライセンス」が1以上であることを確認 製品名…

Nature投稿規定

基本的に http://www.nature.com/nature/authors/gta/2a_Manuscript_formatting.pdf を訳して、自分にとって重要と思われるものをピックアップしたもの。 論文の種類 word数にはreference, title, author list, acknowledgementを含まない Article 全体で5ペ…

方針

今までは覚えておきたいトピックや小ネタなどをKobitoに蓄積/Qiitaに投稿していたが、 Qiitaだとプログラミング関係の話(研究など)やコードを書きにくい Qiitaは短すぎるエントリーに向いていない Kobitoだと検索機能が物足りない、PDFの埋め込みができない …

SRM674 Div2 Medium

整数の組の点集合が与えられて、任意のxy軸を設定したときに両軸上に乗っている点の数の最大値を求める。 点の数の最大値が50なので全探索で大丈夫。 任意の2点で片方の軸を固定した後、追加でもう1点指定すれば両方の軸が固定されるので、 固定された軸に対…

SRM674 Div2 Easy

与えられた2つの集合が全単射かどうか判定。 struct RelationClassifier { vector<int> domain; vector<int> range; string isBijection(vector<int> _domain, vector<int> _range) { domain = _domain, range = _range; multiset<int> d, r; if (domain.size() != range.size() ) { r</int></int></int></int></int>…